צנתרי סיליקון נמצאים בשימוש נרחב ברפואה הקלינית, בעיקר למקרים של קשיי שתן, אצירת שתן או צנתור לאחר ניתוח. צנתור זמני מתאים לחולים עם אצירת שתן חריפה. בתנאים אספטיים, הקטטר מוחדר דרך השופכה לתוך שלפוחית השתן כדי לעזור לנקז שתן במהירות; זמן הצנתור בדרך כלל אינו עולה על 24 שעות. צנתור פנימי משמש לחולים עם הפרעות -לטווח ארוך בשתן, כגון שלפוחית השתן נוירוגני או היפרפלזיה שפירה מתקדמת של הערמונית. קטטר סיליקון עם בלון משמש לאבטחתו בשלפוחית השתן, המצריך ניקוי יומיומי של פתח השופכה והחלפה קבועה של שקית איסוף השתן.
השקיה של שלפוחית השתן כוללת הזרקת תרופות כגון תמיסת מלח או אנטיביוטיקה לשלפוחית השתן דרך צנתר לטיפול בדלקת שלפוחית השתן או למניעת חסימת קרישי דם. ההליך דורש לחץ נמוך-, השקיה איטית וטכניקה אספטית קפדנית. הרחבת השופכה משמשת לחולים עם היצרות השופכה, תוך הגדלת קוטר הקטטר בהדרגה כדי לשפר את מתן השתן; זה חייב להתבצע על ידי רופא מוסמך. ניקוז לאחר ניתוח נפוץ לאחר ניתוח אורולוגי. קטטר משמש לניטור תפוקת השתן ולהפחתת לחץ שלפוחית השתן; יש לשמור על מערכת הניקוז סגורה. לצנתרי סיליקון יש משטח חלק, תאימות ביולוגית טובה וגירוי נמוך לרירית השופכה, מה שהופך אותם למתאימים לצנתור ממושך-לטווח ארוך.
